RNDr. David Hoksza, Ph.D.

hoksza<at>ksi.mff.cuni.cz
odborný asistent

Výzkumné skupiny

Siret

Oblasti zájmu

  • bioinformatika
  • strukturní bioinformatika
  • cheminformatika
  • databáze proteinů a RNA

Výukanahoru

KódNázevOdkazy
NDBI007Organizace a zpracování dat I
NDBI039Administrace Microsoft SQL serveru
NDBI042Techniky vizualizace dat
NDBI044Bioinformatické algoritmy, databáze a nástroje
NPRG045Ročníkový projekt
NPRG061Bioinformatický projekt
NSWI122Příprava disertační práce

Doktorandinahoru

Stávající: Mgr. Petr Škoda

Bývalí: Mgr. Radoslav Krivák

Vedené prácenahoru

NázevŘešitelTypVypsánoObhájeno
Webový nástroj pro vizualizaci sekundární struktury RNAJakub SaksaBc.2017
Predikce sekundární struktury proteinu pomocí hlubokých neuronových sítíMichal FilippiMgr.20172017
Development of web-based interface for visualization of protein-ligand interaction sites and their conservationLukáš JendeleBc.20172017
Grafová reprezentace molekul a její využití ve virtuálním screeninguAneta ŠťastnáBc.20172017
Using tree edit distance to model structural similarity of RNA moleculesTomáš HromadaMgr.20172017
Využití simulovaného žíhání pro optimalizaci molekulárních otisků ve virtuálním screeninguAdam FilandrBc.20172017
Utilization of latent semantic analysis in virtual screeningJiří KolářBc.20162017
Aplikace pro sledování a analýzu cévních výkonůJan DrozenMgr.20162016
Machine learning-based identification of separating features in molecular fragmentsAakash RaviBc.20152017
Predikce terciární struktury RNA na základě předlohyRastislav GalvánekBc.20152016
Využití nekorelovaných vícebodových farmakoforových otisků při virtuálním screeninguOndřej MičkaBc.20152016
Hierarchical visualization of the chemical spaceJakub VelkoborskýMgr.20152016
RNA secondary structure conservation identification module for rPredictorJan PešekMgr.20152015
Databázová predikce vedleších účinků malých molekulMichal KrkavecMgr.2014
Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících strukturRichard EliášBc.20142016
Representation of chemical compounds and its utilization in similarity searchPetr ŠkodaPh.D.2014
Modul umělé inteligence – Expertní systém pro diferenciální a prediktivní diagnostikuJiří KorchňákMgr.2013
Návrh efektivní generické molekulární reprezentacePetr ŠkodaMgr.20132014
Exploratin of chemical and protein space structureRadoslav KrivákPh.D.2013
Atomix pro Microsoft Kinect pro WindowsVladimír MachMgr.20132014
DEBRA - Derscriptor BarnKhanh Chuong LeBc.20132013
Algoritmus pro identifikaci "true positives" protein-ligand komplexůJakub ZáhumenskýMgr.2013
Banka biologických materiálůTomáš PolákBc.20132013
Vizuální dotazování v chemických databázích pomocí SMARTS vzorůVojtěch ŠípekBc.20132014
Generátor dat pro Microsoft SQL ServerJan DrozenBc.20122013
Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppinguMarek MikešMgr.20122014
Vizualizace sekundární struktury RNA molekulTomáš KadlecBc.20122013
Vícenásobná podobnost RNA strukturPeter SzépeMgr.20112013
Vizualizace chemického prostoruPetr ŠkodaBc.20112012
Munis InstantLukáš TomasyBc.20112011
Import jednoduše strukturovaných dat do DBFrantišek HaškoBc.2010
IS pro sledování produkce organizaceTomáš DzurenkoBc.20102011
Podobnost proteinových struktur s využitím genetického programováníMiroslav ŠiagiBc.20102013
Predikce sekundární struktury RNARobert GoldweinMgr.2009
GroupeasMiroslav HrivíkBc.20092010
WESNA - program na tvorbu html prezentací s php komponentamiJiří MizeraBc.20092010
Oracle Visual ToolsEva OndráškováBc.20092009
Oracle Visual ToolsEva OndráškováBc.20092010
PExplorer (Protein Explorer) - knihovna podporující manipulaci s proteinyEvžen ŠindelářBc.2009
Databáze studentů a jejich plateb.Marie KonárováBc.20082009
Interní systém pro CKPavel SelementBc.20072009
Interní systém pro CKPavel SelementBc.20072010
Visual Graph ToolAleš VýmolaBc.2007

Výzkumné grantynahoru

  • Vyhledávání v rozsáhlých multimediálních databázích (GAČR 201/09/0683) 2009-2011 spolupracovník
  • Moderní metody a aplikace softwarového inženýrství (GAUK SVV-2010-261312) 2010-2010 spolupracovník
  • Similarity Search in Biological Databases (GAUK 57907) 2007-2008 řešitel

Vybrané publikace (úplný seznam)nahoru

  • [Žurnál (bez IF)]Hoksza D., Svozil D.: Multiple 3D RNA Structure Superposition Using Neighbor Joining, in IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Vol. PP, Num. 99, ISSN: 1545-5963, pp. nestránkováno, 2015 - text
  • Hoksza D., Škoda P.: 2D Pharmacophore Query Generation, in Lecture Notes in Computer Science, Zhangjiajie, China, Springer International Publishing, ISBN: 978-3-319-08170-0, ISSN: 0302-9743, pp. 289-300, 2014
  • Galgonek J., Kruliš M., Hoksza D.: On the Parallelization of the SProt Measure and the TM-score Algorithm, in Euro-Par 2012: Parallel Processing Workshops, Rhodes Island, Greece, Springer Berlin Heidelberg, ISBN: 978-3-642-36948-3, ISSN: 0302-9743, pp. 238-247, 2013
  • Galgonek J., Skopal T., Hoksza D.: P3S: Protein Structure Similarity Search, in Euro-Par 2012: Parallel Processing Workshops, Rhodes Islands, Greece, Springer Berlin Heidelberg, ISBN: 978-3-642-36948-3, ISSN: 0302-9743, pp. 228-237, 2013
  • Hoksza D., Szepe P., Svozil D.: MultiSETTER - Multiple RNA Structure Similarity Algorithm, in Advances in Bioinformatics and Computational Biology, Recife, Springer, ISBN: 978-3-319-02623-7, ISSN: 0302-9743, pp. 59-70, 2013
  • Škoda P., Hoksza D.: Chemical Space Visualization Using ViFrame, in 2013 IEEE/ACIS 12th International Conference on Computer and Information Science (ICIS), Niigata, Japan, IEEE, ISBN: 978-1-4799-0174-6, pp. 541-546, 2013
  • Cech P., Svozil D., Hoksza D.: SETTER: web server for RNA structure comparison, in NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Vol. 40, Num. W1, ISSN: 0305-1048, pp. W42-W48, 2012
  • Hoksza D., Svozil D.: Efficient RNA pairwise structure comparison by SETTER method, in BIOINFORMATICS, Vol. 28, Num. 14, ISSN: 1367-4803, pp. 1858-1864, 2012
  • Novák J., Galgonek J., Hoksza D., Skopal T.: SimTandem: Similarity Search in Tandem Mass Spectra, in Lecture Notes in Computer Science, Vol. 2012, Num. 7404, ISSN: 0302-9743, pp. 242-243, 2012
  • Novák J., Skopal T., Hoksza D., Lokoč J.: Non-metric Similarity Search of Tandem Mass Spectra Including Posttranslational Modifications, in Journal of Discrete Algorithms, Vol. 2012, Num. 13, ISSN: 1570-8667, pp. 19-31, 2012 - On-line verze
  • Galgonek J., Hoksza D., Skopal T.: SProt: sphere-based protein structure similarity algorithm, in Proteome Science, Vol. 9, Num. Suppl. 1, ISSN: 1477-5956, pp. nestránkováno, 2011
  • Hoksza D., Svozil D.: Exploration of Chemical Space by Molecular Morphing, in Proceedings of the 2011 11th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2011), Taichung, Taiwan, IEEE Computer Society, ISBN: 978-0-7695-4391-8, pp. 201-208, 2011
  • Hoksza D., Svozil D.: SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm, in Lecture Notes in Bioinformatics, Vol. 6674, Num. 5, ISSN: 0302-9743, pp. 37-48, 2011
  • Galgonek J., Hoksza D.: SProt - From Local to Global Protein Structure Similarity, in 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshop, Hong Kong, China, IEEE, ISBN: 978-1-4244-8302-0, pp. 124-129, 2010 - článek v PDF
  • Hoksza D., Galgonek J.: Alignment-Based Extension to DDPIn Feature Extraction, in International Journal of Computational Bioscience, Vol. 1, Num. 1, ISSN: 1918-3909, pp. 79-87, 2010 - článek v PDF
  • Hoksza D.: DDPIn - Distance and Density Based Protein Indexing, in 2009 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, Nashville, Tennessee, USA, IEEE, ISBN: 978-1-4244-2756-7 , pp. 1-8, March 2009
  • Hoksza D., Galgonek J.: Density-Based Classification of Protein Structures Using Iterative TM-score, in 2009 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, Wahsington, D.C., USA, IEEE, ISBN: 978-1-4244-5121-0, pp. 87-93, 2009
  • Hoksza D.: Improved Alignment of Protein Sequences Based on Common Parts, in ISBRA 2008: Bioinformatics Research and Applications, Atlanta, GA, USA, Springer, ISBN: 978-3-540-79449-3, pp. 87-99, May 2008
  • Hoksza D., Skopal T.: Native Multidimensional Indexing in Relational Databases, in COMAD 2008, Bombay, India, Computer Society of India, ACM SIGMOD online, ISBN: 978-81-8424-370-3, pp. 251-261, December 2008
  • Skopal T., Hoksza D.: Improving the Performance of M-tree Family by Nearest-Neighbor Graphs, in 11th East-European Conference on Advances in Databases and Information Systems ADBIS 2007, Springer, ISBN: 978-3-540-75184-7, ISSN: 0302-9743, pp. 172-188, 2007
  • Skopal T., Hoksza D., Pokorný J.: Construction of Tree-based Indexes for Level-Contiguous Buffering Support, in 13th International Conference on Database Systems for Advance Applications, New Delhi, India, Springer, ISBN: 978-3-540-78567-5, ISSN: 0302-9743, pp. 361-373, March 2007

Software

Molpher, P3S, PGRTree, SETTER

Kontaktynahoru

Tato stránka podléhá licenci Creative Commons Uveďte autora-Neužívejte komerčně 3.0 Česko